Les haplogroupes sont désormais disponibles sur Geneanet ADN


adn / lundi, novembre 9th, 2020

article rédigé dans le cadre du ChallengeAZ 2020

Lancé il y a plusieurs mois déjà, le service Geneanet ADN continue d’être amélioré grâce à de nouvelles fonctionnalités. Désormais, Geneanet ADN parvient à détecter les haplogroupes paternels et maternels des fichiers ADN bruts qui y sont déposés. Mais sous certaines conditions.

Adam et Eve génétiques

Un haplogroupe est un groupe d’humains ayant un même ancêtre commun en lignée patrilinéaire ou matrilinéaire. De l’analyse du chromosome Y, on peut remonter à la « tribu primitive » dont est issue l’homme qui a transmis son chromosome Y unique de père en fils à travers les générations, aussi appelé Adam Y-chromosomique.

L’haplogroupe maternel est lui obtenu en analysant l’ADN mitochondrial, qui est transmis de la mère à ses enfants depuis l’Eve mitochondriale, femme hypothétique considérée comme la plus récente ancêtre commune par lignée maternelle de l’Humanité.

Pour déterminer l’haplogroupe, on analyse des SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) qui sont des variations de couples de bases isolées dans une lignée d’ADN. Ces mutations permettent de distinguer les haplogroupes d’une population à l’autre, voire d’un individu à l’autre. Les haplogroupes sont ensuite identifiés par une lettre et un nombre (ex : “T”, “H5a1”, “E1b1a1a1”) qui permettent de retracer la généalogie de ces mutations génétiques, et de dessiner des arbres phylogénétiques avec les différentes sous-clades.

Arbre phylogénétique des haplogroupes ADN-Y

La détection d’un haplogroupe par Geneanet ADN

Pour déterminer ses haplogroupes avec la plus grande précision, il est nécessaire de faire un test ADN-Y pour la lignée paternelle, et ADN-mt pour la lignée maternelle, notamment dans la recherche de relations préhistoriques avec l’ADN ancien.

Mais certains laboratoires offrent déjà un premier niveau d’haplogroupe lors d’un « simple » test ADN. Ainsi, 23andMe m’a fourni à la fois mon haplogroupe paternel et mon haplogroupe maternel via le test ADN dans ce laboratoire.

Et c’est ce que Geneanet ADN propose de faire avec sa fonctionnalité de détection haplogroupe : extraire cette information des tests ADN effectués dans les laboratoires étrangers, à condition que le fichier de données brutes le permette. Précision de Geneant ADN : « Cela concerne les fichiers issus de 23andMe (haplogroupes paternels et maternels), ainsi que les fichiers récents issus d’Ancestry et de MyHeritage (haplogroupes paternels uniquement). Les fichiers ADN issus des autres sites que nous prenons en charge sur Geneanet ADN ne contiennent pas d’informations sur les haplogroupes, nous ne pouvons donc malheureusement pas vous les indiquer ».

Voici mes résultats sur Geneanet ADN, à partir de l’analyse du fichier de mon test ADN effectué chez 23andMe.

Mon haplogroupe paternel R-S264

L’haplogroupe paternel que Geneanet ADN m’affiche (R-S264) est différent de celui indiqué par 23andMe (R-FGC13326). Pourquoi ? Parce que Geneanet ADN a décidé d’être un plus conservateur dans l’analyse des haplogroupes.

Ainsi, R-S264 et R-FGC13326 sont des clades d’une même branche, mais R-FGC13326 est une clade plus récente dans l’arbre phylogénétique : selon Yfull.com, cette mutation est apparue il y a environ 3 700 ans alors que R-S264 date d’environ 4 600 ans.

Et The Big Tree liste les mutations qui ont mené de R-S264 à R-FGC13326 : S264/Z156 > Z305 > Z307 > S265/Z304 > BY12480 > DF96 > FGC13326.

Mon haplogroupe maternel H1ba

L’haplogroupe maternel que Geneanet ADN m’affiche (H1ba) est lui aussi différent de celui indiqué par 23andMe (H1). Mais cette fois-ci c’est 23andMe qui s’est montré plus conservateur : H1 est la branche mère, apparue il y a environ 10 000 ans, de la sous-clade H1ba née il y a « seulement » 6 000 ans selon Haplogroup.org.

A ce stade, Geneanet ADN ne donne pas d’infos sur les autres membres qui possèderaient le même haplogroupe. Mais FamilyTreeDNA propose de consulter gratuitement mtDNA Haplotree, qui contient les haplogroupes maternels de 170 000 personnes qui ont fait le test mtFull dans leur laboratoire.

Les drapeaux affichés sont les pays où vivent aujourd’hui les personnes qui ont fait le test. Une grande variété de pays Européens + les USA. Plutôt logique : H1ba est un haplogroupe très répandu en Europe, et les migrants des siècles derniers l’ont exporté ensuite vers les USA, qui sont aussi parmi ceux qui effectuent le plus de tests ADN…

Pour un haplogroupe plus précis : mon analyse Big-Y en cours chez FamilyTreeDNA

En juin j’ai effectué un test Big-Y chez FamilyTreeDNA, pour aller plus loin dans ma lignée patrilinéaire grâce à l’analyse de 700 STR et plus de 200 000 SNP dans le chromosome Y. Par contre les délais sont beaucoup plus longs que pour un test autosomal, et avec la crise sanitaire ils ont encore été rallongés… Je publierai un article détaillé quand j’aurai reçu les résultats.

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2 réponses à « Les haplogroupes sont désormais disponibles sur Geneanet ADN »

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